La Asociación Venezolana de Educación Católica AVEC tiene su sede central en la ciudad de Caracas, donde funcionan la mayoría de sus diversas estructuras organizativas.
Su estructura organizativa está conformada por la Asamblea Nacional, el Consejo Directivo Nacional, el Consejo Asesor, la Presidencia Nacional y las Consejos Directivos Seccionales. La Asamblea Nacional es la autoridad máxima de la asociación; se reúne de modo ordinario cada tres años convocada por la Presidencia Nacional. La segunda instancia de gobierno central es el Consejo Directivo Nacional (CDN), órgano de gobierno intermedio entre la Asamblea y la Presidencia. El Consejo Asesor funcional como una instancia consultora para la Presidencia Nacional, órgano ejecutivo de la Asociación a nivel nacional, constituido por cuatro miembros: un(a) presidente(a) y tres vicepresidentes(as).
Operacionalmente la Asociación Venezolana de Educación Católica está integrada por centros educativos (Planteles, Casas Hogar y Centros de Capacitación), organizados en Seccionales, y por diversas instituciones de carácter nacional y relacionadas con la educación.
Para el funcionamiento de cada una de estas estructuras, la asociación dispone de un Estatuto propio, que regula y administra la vida y marcha de la asociación, y garantiza el logro de su visión, misión y objetivos. Dicho Estatuto tiene como instancia de referencia a la Asamblea Nacional, la única capacitada para aprobarlo y modificarlo. Asimismo para las Seccionales existe un Reglamento de funciones.